При старте системы:
# service dnsmasq status
* Checking DNS forwarder and DHCP server dnsmasq * (running)
Т.е. dnsmasq запущен.
И удачно запускается лишь потому, что в конфиге вместо interfaces=vboxnet0 указан в exception eth0. Т.е. слушает всё остальное. Если укзать vboxnet0 то dnsmasq его не увидит.

Если перезапустить dnsmasq перед запуском VirtualBox, то далее виртуалка получит сеть.

Порядок запуска слжуб:
# ls -1 | tail -n 16
S20virtualbox@
S20virtualbox-guest-utils@
S20vnstat@
S37iptables-persistent@
S50proftpd@
S50rsync@