На ноутбуке установлена Windows XP Home.

1 ЖД разделён на 3 раздела:

1. Системный(FAT32) 100гб.
2. Диск(NTFS) 30гб. Вот на нём файлы и портятся.
3. Скрытый для бекапа.

Когда винда загружается, начинает исправлять файлы.
Хорошо что там не было ничего важного, некоторые файлы испортились окончательно...

Заметил что файлы портятся посте того как используется SWAP(если не использовался то всё в порядке).

Kubuntu установлена на USB HDD.

Всё! Проблема решена. Привязал SWAP по uuid cryptswap.