Пропала верхушка всех окон

это называется "декоратор", напиши это слово в поиск

спасибо, я тут заметил, что проблема появляется когда ставлю эфекты рабочего стола на полную, и исчезает когда их убрать

Хм... та же проблема была, хотя с компизом вроде не баловался...
странно... написал ту самую
kwin --replace, все заработало
а как он вобще появился, этот декоратор (у меня)?

И как изменить внешний вид окон (чтобы они не были такими просто синими)

есть такой глюк!!!
я вылечил так (при работающем компизе): Пуск (или как ее тут) - Настройка - Advanced Desktop Effects Settings. снять галку Window Decoration и поставить ее.
Пробуйте, может и у вас так же вылечится.

При установке compiz-fusion устанавливается и декаратор окон emerald. Именно он отвечает за офрмление окон. При запуске compiz запускай в консоли emerald --replace. Должно все появится. На эту тему полно форумов, ищи. У меня при работе компиза неадекватно работает опен офис :)