Итак, мне понадобилось запускать wine-приложение по расписанию (обновление Консультант Плюс), решил попробовать сделать это посредством Kcron через настройку гуишного приложения К-меню - параметры системы - планировщик заданий.

Вписываю в строку команды примерно следующее (естественно с правильным путем и нужными ключами)

env WINEPREFIX="/home/user/.wine" wine "C:\Program Files\Folder\File.exe"